เรื่องราวของมิชิมะ คิโกะ หญิงสาวผู้มีแผลใจซึ่งถูกคนในครอบครัวผลักไสมาทั้งชีวิต กับเด็กชายคนหนึ่งที่เรียกตัวเองว่า มูชิ (แมลง) ซึ่งถูกแม่แท้ๆ ทำร้ายร่างกายมาตลอด เมื่อคนสองคนถูกทำร้ายอย่างหนักหน่วงได้มาเจอกันเพราะความเหงา เรื่องราวบทใหม่จึงได้เริ่มต้นขึ้น แต่ก็ไม่รู้ว่าท้ายที่สุดแล้วจะมีใครได้ยินเสียงของวาฬที่เหงาที่สุดในโลกทั้ง 2 ตัวนี้หรือไม่
หากถามว่าวาฬ 52 เฮิร์ตซ์คืออะไร มันก็คือวาฬเพียงตัวเดียวในโลกที่ส่งเสียงด้วยความถี่สูงจนวาฬตัวอื่นๆไม่ได้ยินเสียงของมัน มันไม่สามารถติดต่อกับวาฬตัวไหนๆบนโลกนี้ได้ ไม่มีฝูง ไม่มีเพื่อน ไม่มีคู่ และในทางกลับกัน วาฬตัวอื่นๆก็ไม่สามารถรับรู้การมีอยู่ของมันด้วย แล้วจะเป็นอย่างไรเมื่อชีวิตของผู้หญิงคนหนึ่งกับเด็กชายคนหนึ่งต้องเป็นเหมือนดั่งวาฬตัวนี้ เมื่อไม่มีใครเข้าใจหรือรับรู้ถึงตัวตนที่แท้จริงของพวกเขาเลยเช่นกัน...